與普通班輪一樣，國際集裝箱海運運費除計收基本運費外，也要加收各種附加費。附加費的標準與項目，根據航線和貨種的不同而有不同的規定。集裝箱海運附加費通常包括以下幾種形式：港口擁擠附加費、變更卸貨港附加費、選擇卸貨港附加費、燃油附加費、貨幣貶值附加費等。本文就各船公司通常主要用到的三種附加費作一系統地講述。
港口擁擠附加費也稱船舶擁擠附加費（ｔｈｃ），是對運往卸貨港的貨物因船舶擁擠致使停泊時間延長而臨時征收的附加費。這種附加費中有按一定數額計收的和按運費的一定百分比來計收的兩種。船舶擁擠大多發生在發展中國家的港口，主要是由于港口設備差，進口計劃性不強，政情不穩，罷工，怠工，勞動熱情低等原因。就運費的提高而言，一般都由各航運公會公布一個一定的實施預告期，但如果船舶擁擠是偶然引起的，也可根據公會應急條款（ｃｏｎｔｉｎｇｅｎｃｙ ｃｌａｕｓｅ）的規定，在沒有預告的情況下進行征收。但是在美國航運界，聯邦海事局（ｆｅｄｅｒａｌ ｍａｒｉｔｉｍｅ ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ）規定，即使在這種情況下，也需要至少有一個月的預告期。
一般是指在不得不比一般水平的價格高或比普通使用的燃油價格更高的價格來補給燃油時（例如因進入戰時體制供油地的油價高漲，或因象上次石油沖擊那樣的不測事態而漲價等），通常油價及其差額要轉嫁到每一噸貨物或分攤到基本費率上去。
這一附加費的計算方法是，先按平常價格營運時一個航次的總燃料費與按漲價后的總燃油費求出差額，除以船舶裝載能力，計算出每一載重噸應負擔的差額。或者，算出上漲價格比平常價格上升的比例，并以基本費率來除它，就可求出基本費率應加的百分數了。
因為定期航線通常要涉及到使用兩種以上不同貨幣的國家，所以其運費率須以較穩定的貨幣計價，在多數情況下是以美元為基礎。雖然各國以一定的匯率與美元等主要貨幣結算不會有什么問題，但是如果在主要貨幣的穩定性比較差的情況下，公會所管轄的兩國以上貨幣的交換就會產生變化。
例如與１美元＝３６０日元的時代相比，當美元事實上已貶值到１美元＝３０８日元或１美元＝２７６日元時，船公司從貨主處收取的美元換算成日元以后，在運費額中每美元分別遭到５２日元或８４日元的匯兌差額損失。為彌補這種差額損失而征收的費用，即所謂貨幣貶值附加費。實際上在貨幣的變動幅度不大或會員船公司并沒有把這種貨幣換成其他貨幣（這時并沒有發生差額損失）時，也有照樣考慮在基本費率上增收一定百分數來征收這種附加費的。
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