集裝箱碼頭的中轉箱主要包括國內和國際兩種中轉箱。國內中轉箱指在境外裝貨港裝船后，經國內中轉卸船后轉運到境內其它港口的集裝箱，以及在國內裝貨港已辦理結關手續，船公司出具全程提單，經國內中轉港轉運至國外目的港的集裝箱。
國際中轉箱是指由境外啟運，經中轉港換裝國際航線船舶后，繼續運往第三國或地區指運口岸的集裝箱。 碼頭設有專職中轉業務員，負責碼頭內中轉箱的箱務管理，掌握中轉箱的動態，做好中轉箱單證資料的流轉管理工作。
一、一程船卸船 國際海運運輸中的“一程船”，即是指對某一中轉箱而言，將該箱從起運港載運至中轉港的船舶。碼頭配載計劃員在收到船公司資料后，將其中的中轉資料交中轉業務員處理。中轉業務員將中轉資料輸入電腦。在船舶卸船后，應將中轉資料與實卸情況進行核對，發現問題立即通知有關方面協調解決。如在卸船后代理要求更改、補充中轉信息，中轉業務員在收到代理的工作聯系單后，應及時在電腦中更正有關信息。對于一程船卸船后超過 14 天還沒有出運的中轉箱，碼頭中轉業務員要主動與代理聯系，及時安排二程船轉運。
二、 二程船裝船 國際海運運輸中的“二程船”，即是指對某一中轉箱而言，將該箱從中轉港載運至目的港的船舶。碼頭中轉業務員收到中轉通知書后，將中轉通知書(需有海關放行章)連同外區拖進本碼頭的中轉箱的動態表一起交配載員處理。在裝船結束后，中轉業務員將經由配載員注明中轉箱實際裝箱情況和卸船時間的中轉通知書與已裝船的動態表等單證一起交費收部門。外區拖進本碼頭的中轉箱因故未能裝上船的，中轉業務員要妥善保管好動態表，以備使用。
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