海運因其運輸能力強、運費低（相較于其他運輸方式）的優點受到國際貨運人士的廣泛運用，在海運過程中由于貨物的載體通常都是以集裝箱為單位，所以進口報關代理時的步驟會有不同。
海運進口報關代理總共單據包括：正本提單或電放副本、裝箱單、發票、合同（一般貿易）。
憑借進口報關代理全套單據,代理報關企業可以查清此批貨物是由哪家船公司運輸、哪家船代操作、如何換取提貨單。
換單時進口報關代理企業需要提前聯系場站確認港雜費（提現費、掏箱費、裝車費、回空費等）。
之后進口報關代理企業根據發貨人提供的進口報關代理資料以及集裝箱的柜號、封簽資料，如果是場裝的話，還得另外多打印一份裝箱單交給堆場。
在貨柜和貨物全部到齊后，需要在第六聯之后蓋進場章，然后，憑借申報資料和裝箱單一起向船代申報，當船代審核過后留下第二、第九聯和裝箱單留底，將第六聯蓋章后與第七、第八聯交給進口報關公司。
進口報關代理企業在這種情況下根據收貨人提供的發票、箱單、報關委托書、核銷單，在船到前兩到三日，先憑借資料打出報關單，進行報關單預錄入海關系統，等海關接受之后才可以正式提交報關資料。
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