海關查驗可以說是進口報關代理環(huán)節(jié)中審核貨物真實性的一重要環(huán)節(jié)，除海關總署特準免驗的之外，都應接受海關查驗。海關查驗貨物，一般應在海關規(guī)定的時間和監(jiān)管場所進行，如有理由要求海關在監(jiān)管場所之外查驗，應事先報經海關同意。
以經過審核的單證為依據，對貨主申報的內容進行直接實際的核實和查對，除有特殊規(guī)定準予免驗者外，進出境貨物的運輸工具均應接受海關的查驗，它為打擊走私違法情事及為征稅、統(tǒng)計提供實際監(jiān)管依據等方面有著重要的作用。
海關查驗，一方面是要復核進口報關代理環(huán)節(jié)中所申報的單證及查證單貨是否一致，通過實際的查驗發(fā)現審單環(huán)節(jié)不能發(fā)現的無證進出問題及走私、違規(guī)、逃漏關稅等問題;另一方面，通過查驗貨物才能保證關稅的依率計征,因為進口報關代理稅則分類號列及適用稅率的確定；
進口報關代理的貨價海關是否予以接受，都決定于查驗的結果。如查驗不實，稅則分類及估價不當，不僅適用的稅率可能發(fā)生差錯，且估價易或高或低，因而使稅負不公，國家或進口廠商將蒙受損失。
舉個例子：如某市外運分公司進口報關制冷機，應歸入稅號8415，但該稅號有8個子目，子目84158210稅率為130%，子目84158220稅率為90%，所附單據看不出制冷機的制冷溫度和容量。通過實際查驗，確定該機應歸入稅號84158220，按稅率90%計征關稅，從而避免了進口廠商負擔其不應負擔的關稅額，體現了海關征稅工作的嚴肅性，維護了集體的利益。
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