其次，進出口商檢存在大量重復檢驗問題。《行政許可法》規定，即使符合設立行政許可的條件要求，但仍可以通過其他方式予以規范的事項,可以不設行政許可。這既是為了充分利用市場和民間力量，節約行政成本，也是為了防止政府無限擴權，侵犯公民和企業權利。進出口商檢也必須遵循該條原則，特別是政府已經采用行政監督管理手段實施的商品類別,不應再重復列入強制檢驗的范圍。例如，已經實施的進出口食品生產企業衛生注冊/登記制度，出口產品質量許可證制度(新《商檢法實施條例》中稱為“出口商品注冊登記管理”)，進出口化妝品生產企業衛生注冊登記管理制度，3c產品強制性認證制度,進口成套設備的監督管理制度(該項工作更確切的表述應是管理而不是檢驗),出口危險貨物包裝容器許可證制度。從技術管理角度來說，這些注冊、登記、許可監管制度已包括了生產體系的過程控制、實物產品的前期確認、對體系和實物的后續監管與抽查，這些控制條件下的商品風險已經大大低于對進出口商品的批次抽樣檢驗風險，因此,再列入種類表的強制性檢驗要求已無必要。但目前這種重復檢驗竟然占現行商檢種類表的50%以上。
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